تنطلق أحداث الموسم الثاني من مسلسل الخليفة: نداء الجذور مع بداية مختلفة تمامًا لحياة سرحات، بعدما انتهت أحداث الموسم الأول بحادث غيّر مصير يلدز وأدخل الجميع في مرحلة مليئة بالغموض. بعد الحادث، تنجو يلدز لكنها تفقد ذاكرتها، لتبدأ حياة جديدة بعيدًا عن الأشخاص الذين كانوا جزءًا من ماضيها. يلدز لا تتذكر سرحات ولا تتذكر الأحداث التي جمعتهما، بينما يعيش سرحات حالة من القلق بعدما يختفي أثرها ويبدأ رحلة البحث عنها. سرحات يرفض الاستسلام لفكرة فقدان يلدز، ويبحث عنها في كل مكان، محاولًا الوصول إلى أي معلومة يمكن أن تقوده إليها. لكن سرحات لا يعرف أن العثور على يلدز لن يكون نهاية الأزمة، لأن فقدانها للذاكرة سيجعل عودتها إليه أكثر صعوبة. وفي الوقت الذي ينشغل فيه سرحات بالبحث عن يلدز، تبدأ الأحداث داخل قصر يلدوران بالتغير. غياب سرحات يترك مساحة أمام أكيف للتحرك، فيحاول استغلال الظروف الجديدة وتعزيز نفوذه داخل العائلة. أكيف يرى أن غياب سرحات فرصة لا يمكن إضاعتها، لذلك يبدأ بتنفيذ خطوات جديدة بهدف تغيير موازين القوة داخل القصر. ومع تزايد الخلافات، تصبح العائلة أمام مرحلة مختلفة لا تشبه ما عاشته سابقًا. وفي الجهة الأخرى، يظهر زيان آغا كخصم جديد لسرحات. زيان آغا يحمل سرحات مسؤولية وفاة ابنته، ولذلك يقرر الانتقام منه وفتح مواجهة مباشرة معه. لكن زيان آغا لا يريد خوض هذه المواجهة بمفرده، فيسعى إلى عقد تحالف جديد يساعده في تنفيذ خطته. وهنا يدخل سعد الله طاشقسن إلى المشهد، بعدما يبحث هو الآخر عن الانتقام لمقتل ابن أخيه. يتفق زيان آغا وسعد الله على التعاون ضد سرحات، لتبدأ جبهة جديدة تضع سرحات أمام خطر متزايد. وبينما يواصل سرحات البحث عن يلدز، يتحرك خصومه في الاتجاه الآخر ويستعدون لمواجهته. وفي الوقت نفسه، يحاول زيان آغا الحفاظ على هدنة مؤقتة مع بعض أفراد عائلة يلدوران، ويعمل على إبقاء أشير ومريم داخل القصر حتى لا يتدخلا في الصراع الدائر بينه وبين سرحات. أما سرحات، فلا يعرف أن أعداءه بدأوا بتشكيل تحالف ضده. تركيزه بالكامل ينصب على الوصول إلى يلدز، فهو يريد معرفة ما حدث لها بعد الحادث والتأكد من أنها بخير. عندما تبدأ خيوط البحث بالاقتراب من يلدز، تصبح مسألة استعادة ذاكرتها واحدة من أهم الأسئلة في القصة. فحتى إذا تمكن سرحات من الوصول إليها، فإن يلدز لن تكون المرأة نفسها التي تركها قبل الحادث. يلدز تعيش الآن دون ذكريات الماضي، ولا تعرف حقيقة علاقتها بسرحات، الأمر الذي يجعل اللقاء بينهما مختلفًا تمامًا. سرحات يعرف كل شيء، بينما يلدز تنظر إلى الماضي وكأنه قصة لا تتذكر منها شيئًا. وفي المقابل، يستمر أكيف في استغلال غياب سرحات، ويحاول تثبيت موقعه داخل القصر. خطوات أكيف الجديدة قد تؤدي إلى صراعات داخلية، خصوصًا مع تغير التوازنات بين أفراد العائلة. وتبدأ الحلقة في رسم خطوط الصراع الجديد للموسم الثاني: سرحات يبحث عن يلدز، يلدز تحاول فهم حياتها الجديدة، أكيف يسعى إلى توسيع نفوذه، وزيان آغا وسعد الله يستعدان للانتقام. ومع اجتماع هذه الأطراف، يصبح الطريق أمام سرحات أكثر صعوبة. فهو لا يواجه مشكلة اختفاء يلدز فقط، بل يجد نفسه أمام خصوم جدد يتحركون ضده في الوقت الذي يكون فيه بعيدًا عن القصر. الحلقة 36 تمهد لمرحلة جديدة في قصة سرحات ويلدز، حيث يتحول الحب الذي جمعهما إلى اختبار حقيقي بسبب فقدان الذاكرة. سرحات يريد استعادة يلدز، بينما يلدز تحتاج أولًا إلى استعادة ذكرياتها حتى تفهم حقيقة الرجل الذي يبحث عنها. وفي الوقت نفسه، تبدأ جبهة الانتقام بالتشكل، ويصبح تحالف زيان آغا وسعد الله خطرًا حقيقيًا على سرحات، بينما يحاول أكيف الاستفادة من الفوضى داخل قصر يلدوران. وبين البحث عن يلدز والصراع على النفوذ والرغبة في الانتقام، تبدأ الحلقة الأولى من الموسم الثاني بفتح أبواب جديدة من الأسرار والمواجهات، لتضع سرحات أمام أصعب مرحلة منذ بداية قصته.